弘光元年（1645年）豫亲王多铎定江南。
马士英、史可法等遗臣，拥福王即位南京，1645年改元弘光，是为南明，以史可法晋师江北。
八月，郑芝龙与郑鸿逵原任总兵，加封安南伯及靖虏伯。
弘光元年（1645年），郑鸿逵、郑彩自京口退至杭州，迎唐王朱聿键入闽。
隆武元年（1645年）闰六月，郑芝龙、郑鸿逵与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周等，拥立唐王称帝於福州，改元隆武。
郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权，旋晋平国公，三弟郑鸿逵（原名郑芝彪）为定西侯（二弟郑芝虎之前战死），旋进定国公，四弟郑芝豹（小字莽二）封澄济伯，侄儿郑彩亦封永胜伯，郑家官居极品。
八月，隆武帝诏赐，晋平国公郑芝龙加太师。
崇祯六年（1633年）7月，新任荷兰台湾长官普特曼斯为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，派出8艘战舰，不宣而战，明朝的厦门官员在驻军遭到荷兰人痛击后，采取息事宁人态度，找人与荷兰人疏通，然求和失败，福建巡抚邹维琏檄调诸将，大集舟师，准备痛击荷兰侵略者，身任“五虎游击将军”的郑芝龙担任战斗前锋，实际负责运筹指挥这场战斗。
郑芝龙舟渡漳州海澄，誓师出发。
不久在澎湖的遭遇战中，焚毁荷船一艘，生擒荷将一名，击毙荷兵数百，10月，由郑芝龙带领，明军150艘左右的帆船（其中50艘为大战船）在金门料罗湾追上荷兰军舰，郑芝龙报仇心切，奋勇当先，使用铁钩钩住敌船纵火焚烧战术，共焚毁荷兰快艇一艘，并捕获另一艘快艇，普特曼斯狼狈退回台湾。
崇祯元年（1628年），郑芝龙招纳漳、泉灾民数万人，“人给银三两，三人给牛一头”，用海船运到台湾垦荒定居。在台湾历史上，郑芝龙是组织大规模移民的第一人。
台湾土地肥沃，因此而引发了汉人向台湾岛移民的浪潮，这是历史上首次大规模有组织的由大陆向台湾移民。
当时荷兰东印度公司统治台湾南部，在大员修筑热兰遮城、普罗民遮城两城，驻防近两千人，但大陆移民却多达数万。
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