距今一万年前，原本善良的人类和神奇宝贝和平共处，但是时过境迁人类的野心也是越来越大，想要征服世界，就开始研究与寻找世界上最强的神奇宝贝来完成统一世界的梦想。后来一群邪恶的人类他们发现了世界上最强的神奇宝贝‘破坏神’不断想要变强摧毁了原本信奉‘创世神’走上了争夺‘破坏神’的旅途。
就是这样环境下，整个世界的格局变成了人间修罗场，大家想要不断的变强，于是决斗便在所难免。而信任人类的创世神‘阿尔宙斯’发现自己已经被人类背叛，它原本以为人类可以和在自己努力下让世界变的更好。但恰恰相反，人类陷入自己的欲望之中，战火连绵，无数的人类和神奇宝贝因此失去的了生命。而自己也面临着灭顶之灾，于是它便不再相信人类，从此消声灭迹。
邪恶好战的人类信仰了破坏神，而善良向往和平的人类则依旧信仰创世神，两边的大战一触即发。但是好运总是站在不择手段的人类一边，愚蠢的人类却被眼前的战火冲昏了头脑，他们想要毁灭创世神，从而自己开启一个新的纪元，真正的做自己的主人。
最终邪恶的人类胜利了，创世神也在最后一刻化为灰烬，但是还没等庆祝时，天空中飞来了他们所信仰的三只传说中的神奇宝贝，他们和死去的创世神融为一体，变成了真正的破坏神，开始对世界的毁灭。
一瞬间黑暗便吞噬着眼前的大陆，无数无辜的人类和神奇宝贝消失在这无边无尽黑暗之中。从而大家也只要听到‘破坏神’便闻风丧胆。
原本美好的世界陷入死寂之中，末日也开始了真正的倒计时，破坏神一口一口的吞噬整个世界，原本美丽的山丘海洋在它的破坏下也变成了一片废墟残骸。曾经美丽的花园也竖起了一座座小小墓碑，场面荒凉而又凄惨。人类和神奇宝贝的也在这样的环境下存活的所剩无几。
但是这时那个传说中的少年横空出世，他和他的神奇宝贝在一座浩大的雪山之下和破坏神展开了殊死搏斗，历经千难万险下他最终战胜了破坏神，世界末日也就此告终。大家为了纪念这个少年，将他战争那座雪山命名为‘战神山’，而此一役之后人们也将那个战胜末日神奇宝贝的少年封为‘战神’，战神的雕像和他的神奇宝贝也久久矗立在雄伟的雪山之上。
后来人类也为了纪念战神这样的人物，每隔四年都会在决斗岛上决出一位战神，来守护大家，成为整个大陆的领袖。
时过境迁，世界迎来久违了的和平，蛮荒时代离去，人类大步进入了文明时代，在人类与神奇宝贝的共同努力下，破坏神曾经破坏的土地也逐渐的恢复了往日的生机。而那个曾经战胜破坏神的子嗣也成为了现今最神秘的家族‘n家族’。
但故事并没有结束，那些厌倦了和平的人类随着时间越积越多，宝贵的和平又一次遭遇了危机，想要唤醒破坏神的人类组建起了一个组织，称之为‘末日组’，他们成立后便开始四处捕获传说中最强的神奇宝贝。一次他们在捕获凤王的同时点燃了一座塔，让很多无辜的人类和神奇宝贝也因此丧命。正义的人们也不能放过他们，民间组织起了很多正义的力量，来打压这股邪恶力量，其中最为让人印象深刻的就是‘凤王社’，每一个社员都是身经百战的精英训练家，最终这股邪恶的势力在正义的包围下销声匿迹。
和平的至今，直到那个神秘少年出现，大家口口相传也可能只是传说，那个少年初战以来未尝败绩，恐怖的实力却被曾经不可一世的‘末日组’盯上。
而这个神秘少年也据说是‘n家族’最强的代表，掌握了‘n家族’的绝密信息。并且叛逃‘n家族’开始实施了他的秘密计划。
与此同时，在最近伽勒尔明星赛上，首次夺得冠军的主人公‘小烁’，还没来得急享受冠军的喜悦，n家族的人就发来了密函，收到密函的小烁没来得及参加的冠军庆功宴便匆匆离去。来到了黑暗森林，只见一名神秘的黑衣少年和传说中的神奇宝贝‘伊裴尔塔尔’，展开了殊死决斗。而主人公小烁想要去上前制止，却发现那个少年竟然就是现今被誉为‘战神’的训练家。
此时双方的也展开了殊死搏斗，但是‘战神’也不愧是战神，小烁已经拼尽全力，也没能成功。
‘战神’收付了伊裴尔塔尔，消失在了黑暗森林之中，而手中没有战斗能力的小烁，不敢相信刚刚发生的一切。直到守护黑暗森林的暗影联盟成员的赶来，震惊的发现他们守护的传说中神奇宝贝不见了踪影，无奈之下小烁也不想引起更多的误会，便悄然离开了黑暗森林。
修养期间，‘n家族’又收到了新的情报，得知‘战神’收付另一只传说中的神奇宝贝‘骑拉帝纳’，他们便知道事情没有想象的那么简单。家族的族长也叫来了正在修养的小烁，将一个极其艰巨的任务交到了他的手上，这个任务只能成功不能失败，因为关乎全人类和神奇宝贝的命运。小烁顿时明白这件事已经朝着最坏的方向发展着，但是他知道自己的实力还差的很远。于是他为了战胜那个被称为‘战神’的少年，开始了
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